bitファイル作成時のオプションによってはフラッシュメモリからのコンフィギュレーションでは動かないbitファイルが出来上がります。以下のオプションの設定値を確認してください。

ISEの場合

• ISEのメニューバーにて[Process]-->[Properties]を選択
• Startup OptionsのFPGA Start-Up Clockを確認
• "CCLK"になっているでしょうか？

EDKの場合

• Projectタブ：Project Files --> Bitgen Options Fileを開く
• -g StartUpClk:"CCLK"になっているでしょうか？